某天,教育方针突然改变,教育机构“学院(アカデミア)”变成了军事学校。学生们被迫在如同牢狱般的环境中接受严苛的训练。作为其中一员,本作的主人公“明日香(アスカ)”对地狱般的校园生活感到筋疲力尽。就在这时,她收到了一张实现“透明化”的自由入场券……。